Klíčovým rozdílem mezi apomorphy a plesiomorphy je to, že apomorphy odkazuje na charakteristiku, která je pro klade jedinečná a nachází se u všech potomků dané kladu, zatímco plesiomorphy označuje vlastnost, která je v kladu přítomna, ale nemusí všichni členové kladu.
Ve fylogenetice je cladistics oblastí, která klasifikuje organismy do subtypů nebo skupin na základě charakteristik, které zdědili předci. Jedná se o velmi spolehlivou formu studia, která pomáhá analyzovat evoluční a fylogenetické vztahy. K popisu charakteristik každé kladu lze použít různé terminologie, jako je apomorfie, plesiomorfie, autapomorfie, synapomorfie a homoplazma atd. Mezi nimi jsou relativní termíny apomorfie a plesiomorfie. V těchto studiích je počítačový software opravdu užitečný pro studium charakteristik a vlastností Apomorphy a Plesiomorphy.
