Klíčovým rozdílem mezi maltózou a izomaltózou je, že maltóza má dvě glukózové jednotky spojené k sobě prostřednictvím vazby alfa 1-4, zatímco izomaltóza má dvě glukózové jednotky spojené k sobě prostřednictvím vazby alfa 1-6.
Maltosa je disacharid. To znamená, že má dvě cukrové jednotky spojené k sobě. V případě maltózy a izomaltózy je jednotkou cukru molekula glukózy. Proto se tyto dvě formy disacharidů navzájem liší podle chemické vazby mezi dvěma jednotkami glukózy. Obě tyto formy cukru však redukují cukry.
