Klíčovým rozdílem mezi alogamií a autogamií je, že allogamie je fúzí mužských a ženských gamet, které pocházejí od dvou různých jedinců, zatímco autogamie je fúzí mužských a ženských gamet stejného jedince. Další rozdíl mezi alogamií a autogamií s ohledem na produkované potomky spočívá v tom, že allogamie produkuje geneticky odlišné potomky, zatímco autogamie produkuje geneticky identické potomky.
Fúze mužské gamety se ženskou gametou je oplodnění. Zygota se vyvíjí v důsledku oplodnění a poté prochází buněčným dělením, aby vytvořila nového potomka. Kromě toho mohou být hnojení dva typy; samooplodnění nebo křížové hnojení. Allogamie je synonymem pro vzájemné hnojení a Autogamie je synonymem pro sebeoplodnění.
