Klíčovým rozdílem mezi fotosystémem 1 a fotosystémem 2 je, že fotosystém 1 má reakční centrum skládající se z chlorofylu, molekuly P700, která absorbuje světlo na vlnové délce 700 nm. Na druhé straně má fotosystém II reakční centrum obsahující chlorofyl, molekulu P680, která absorbuje světlo při vlnové délce 680 nm.
Fotosystémy jsou souborem molekul chlorofylu, doplňkových molekul pigmentu, proteinů a malých organických sloučenin. Existují dva hlavní fotosystémy; fotosystém I (PS I) a fotosystém II (PS II) přítomný v tylakoidních membránách chloroplastů v rostlinách. Oba provádějí světelnou reakci fotosyntézy. Rostliny tedy oba tyto fotosystémy nezbytně potřebují. Je to proto, že stripovací elektrony z vody vyžadují více energie než fotosystém aktivovaný světlem, který mohu dodat. V důsledku toho může fotosystém II absorbovat světlo kratší vlnové délky (vyšší energie) a spojovat se v tandemu s PS I, což umožňuje necyklický tok elektronů.
