Klíčovým rozdílem mezi Apicomplexia a Ciliophora je to, že Apicomplexia je podskupina prvoků a zahrnuje organismy s apikálním komplexem, zatímco Ciliophora je další podskupina prvoků, která zahrnuje organismy s řasinkami.
Protozoa je jednou ze dvou hlavních skupin patřících do Kingdom Protista. Druhou skupinou jsou řasy. Prvoky jsou jednobuněčná zvířata jako eukaryotické organismy. Patří do čtyř tříd: Sarcodina (améby), Ciliophora (nálevníci), Zoomastigophora (bičíkovci) a Apicomplexa. Apicomplexia má strukturu známou jako apikální komplex, zatímco členové Ciliophora mají na povrchu organismu tisíce řasinek.
