Klíčovým rozdílem mezi DNA a RNA nukleotidem je, že DNA nukleotid nebo deoxyribonukleotid obsahuje deoxyribózový cukr, zatímco RNA nukleotid nebo ribonukleotid obsahuje ribózový cukr.
Nukleotidy jsou základní jednotkou nukleových kyselin. Jsou stavebními kameny nebo monomery DNA a RNA. Spojují se navzájem a tvoří polynukleotidový řetězec, který dává strukturu DNA nebo RNA. V nukleotidu jsou tři hlavní složky. Jedná se o dusíkatou bázi, pentózový cukr (pět uhlíkových cukrů) a fosfátové skupiny. Existuje pět různých dusíkatých bází jako Adenin, Tymin, Cytosin, Guanin a Uracil. Thymin je vidět pouze v DNA, zatímco uracil je jedinečný pro RNA. V nukleových kyselinách existují dva typy pěti uhlíkových cukrů. RNA obsahuje ribózový cukr, zatímco DNA obsahuje deoxyribózový cukr. Nukleotidy obsahují tři fosfátové skupiny připojené k pentózovému cukru.