Klíčovým rozdílem mezi primerem a promotorem je, že primer je komerčně syntetizovaná krátká sekvence DNA, která se používá v PCR pro amplifikaci cílové sekvence DNA, zatímco promotor je specifická sekvence DNA, která poskytuje bezpečné počáteční vazebné místo pro RNA polymerázu a transkripční faktory v za účelem zahájení transkripce.
Primer a promotor jsou dva typy sekvencí DNA. Primer je malý fragment DNA potřebný pro polymerázovou řetězovou reakci (PCR). Má krátké nukleotidové sekvence komplementární k ohraničujícímu konci řetězce DNA. Existují dva typy primerů, které fungují jako výchozí body pro syntézu nových řetězců DNA. Naproti tomu promotor je specifická sekvence DNA umístěná proti proudu od místa iniciace transkripce genu. Přímo interaguje se složkami transkripčního mechanismu, jako je RNA polymeráza a transkripční faktory, za účelem kontroly transkripce DNA. RNA polymeráza a další transkripční faktory se proto vážou na promotorovou sekvenci a iniciují transkripci.
