Klíčový rozdíl - Probe vs Primer
Molekulární sonda je malý fragment DNA nebo RNA, který rozpoznává komplementární sekvence v DNA nebo RNA a umožňuje identifikaci cílové sekvence. Primer je malý úsek DNA nebo RNA, který slouží jako výchozí bod pro syntézu DNA. Primery a sondy hybridizují s komplementárními nukleotidy templátové DNA nebo cílové DNA. Klíčovým rozdílem mezi sondou a primerem je však to, že primery jsou nezbytné pro replikaci DNA, zatímco sondy jsou nezbytné pro detekci specifických sekvencí ve vzorku DNA.
OBSAH
1. Přehled a klíčový rozdíl
2. Co je sonda
3. Co je primer
4. Porovnání vedle sebe - sonda vs. primer
5. Shrnutí
Co je to sonda?
Sonda je malý fragment DNA nebo RNA používaný k detekci cílové DNA nebo RNA ve vzorku molekulární hybridizací. Jsou také známé jako molekulární markery. Délka sondy se může měnit (100 až 1 000 bází) a nukleotidy sondy jsou komplementární k části cílové sekvence. Pro snazší detekci jsou sondy značeny radioaktivními izotopy nebo fluorescenčními barvivy nebo protilátkami. Sondy se vážou s komplementárními bázemi cílové sekvence a odhalují přítomnost cílové DNA nebo RNA ve vzorku. Existují dvě hlavní metody označování sond: koncové značení a překlad nicku. Sondy jsou kategorizovány do různých typů, včetně sond DNA, sond RNA, sond cDNa a sond syntetických oligonukleotidů, a jsou připraveny pomocí různých technik.
Sondy jsou důležitými nástroji v mnoha mikrobiálních a molekulárních oblastech, jako je virologie, forenzní patologie, testování otcovství, otisky prstů DNA, detekce genetických chorob, RFLP, molekulární cytogenetika, hybridizace in situ atd.
Obrázek 01: Fluorescenčně značená sonda použitá ve FISH k detekci patogenů
Co je to základní nátěr?
Primer je krátký fragment DNA nebo RNA, který slouží jako iniciátor syntézy DNA. Enzym DNA polymerázy přidává nukleotidy ke 3 'OH skupině sekvence primerů a syntetizuje nový řetězec komplementární k templátové DNA. Primery jsou velmi krátké fragmenty o délce 18 až 20 nukleotidů. Jsou chemicky syntetizovány v laboratoři pro in vitro amplifikaci DNA (PCR). Primery mohou mít jakoukoli sekvenci nukleotidů, protože jsou navrženy uživatelem. Jsou syntetizovány tak, aby odpovídaly komplementárním základům templátové DNA. Proto může mít jakoukoli sekvenci nukleotidů. Primery mají zásadní význam pro replikaci DNA, protože DNA polymeráza nemůže syntetizovat novou DNA bez již existujícího kousku DNA. Při navrhování primerů pro PCR je třeba vzít v úvahu následující věci:
- Primery by měly obsahovat komplementární nukleotidy k ohraničujícímu konci DNA, která se chce amplifikovat.
- Primery by měly mít teplotu tání mezi 55 - 65 0 C
- Obsah G a C by měl být mezi 50 až 60%.
V PCR se používají dva primery jako dopředný a reverzní k replikaci obou řetězců DNA vzorku. Primery se běžně používají k provádění sekvenování PCR a DNA.
Obrázek 02: Žíhání primeru v PCR
Jaký je rozdíl mezi sondou a primerem?
Rozdílný článek uprostřed před tabulkou
Sonda vs Primer |
|
| Sonda je malý fragment DNA / RNA používaný k detekci přítomnosti cílové sekvence ve vzorku molekulární hybridizací. | Primer je malý úsek DNA nebo RNA, který slouží jako výchozí bod pro replikaci DNA. |
| Funkce | |
| To detekuje přítomnost specifické sekvence ve vzorku DNA nebo RNA. | To funguje jako výchozí bod pro syntézu DNA. |
| Délka | |
| Délka může být v rozmezí 100 - 1000 základen | Délka je obvykle asi 18 - 20 základen |
| Vazba s doplňkovou sekvencí | |
| Sonda hybridizuje s komplementárními bázemi cílové sekvence | Primer žíhá s komplementárními bázemi řetězců DNA. |
| Značení | |
| Sondy jsou označeny pro snadnou detekci | Primery obecně nejsou označeny |
| Použití v PCR | |
| Sondy se v PCR nepoužívají | Při PCR se používají primery |
Shrnutí - Probe vs Primer
Sonda je malý fragment sekvence DNA nebo RNA, který lze hybridizovat s komplementárními nukleotidy k detekci cílové sekvence ve vzorku. Sondy jsou značeny radioaktivně, imunologicky nebo fluorescenčně, aby se zjistila přítomnost cílové sekvence. Primer je velmi malý fragment DNA nebo RNA, který slouží jako výchozí bod pro amplifikaci DNA in vitro. DNA polymeráza identifikuje primer 3 'OH skupiny a iniciuje vytváření nového řetězce komplementárního k templátu. Sondy a primery fungují podobně hybridizací s komplementárními nukleotidy. Klíčovým rozdílem mezi sondou a primerem je tedy jejich primární funkce.
