Klíčovým rozdílem mezi kompozitními a nekompozitními transpozony je, že kompozitní transpozony mají dvě sousedící inzertní sekvence, zatímco nekompozitní transpozony mají místo sousedních inzertních sekvencí obrácené repetice.
Transpozon je fragment DNA, který se může translokovat v bakteriálním genomu. Jsou to mobilní sekvence DNA. Přesouvají se do nových míst genomu. Tyto pohyby způsobují změny v sekvenci bakteriálního genomu a způsobují významné změny v genetické informaci. Jsou to transponovatelné genetické prvky odpovědné za vytváření nových genetických sekvencí v bakteriích. Transposony jsou také označovány jako skokové geny, protože tyto skokové sekvence mohou blokovat transkripci genů a změnit uspořádání genetického materiálu bakterie. Kromě toho jsou odpovědné za pohyb genů rezistence na léky, rezistence na antibiotika mezi plazmidy a chromozomy. Existují dva typy transpozonů jako kompozitní a nekompozitní.
