Klíčovým rozdílem mezi glyoxysomy a peroxisomy je, že glyoxysomy jsou přítomny pouze v rostlinných buňkách a vláknitých houbách, zatímco peroxisomy jsou přítomny téměř ve všech eukaryotických buňkách. Glyoxysomy jsou hojné v rostlinných buňkách klíčících semen, zatímco peroxizomy jsou hojné v buňkách jater a ledvin.
Tyto dvě organely jsou mikroorganismy přítomné v eukaryotických buňkách. Glyoxysomy jsou specializované peroxisomy, které se nacházejí pouze v rostlinných buňkách a vláknitých houbách. Peroxisomy jsou organely, které pomáhají štěpit dlouhé řetězce mastných kyselin a detoxikovat buňku. Rozkládají alkoholy a další škodlivé sloučeniny.