Klíčovým rozdílem mezi chaperony a chaperoniny je, že chaperony vykonávají širokou škálu funkcí, včetně skládání a degradace proteinu, napomáhají při sestavování proteinu atd., Zatímco klíčovou funkcí chaperoninů je pomoc při skládání velkých proteinových molekul.
Molekulární chaperony nebo chaperony jsou proteinové molekuly, které pomáhají v procesu skládání proteinů do složitých struktur. Chaperoniny jsou proto typem chaperonu, který zahrnuje proteiny tepelného šoku. Ze všech typů chaperonů jsou chaperoniny nejčastěji studovanými proteiny kvůli důležité roli, kterou hraje při správném skládání proteinů. Proto působení chaperonů a chaperoninů brání nevratné agregaci proteinů a tím umožňuje jejich funkčnost. Chaperony a chaperoniny se drobně liší podle funkčnosti těchto dvou molekul.