Klíčovým rozdílem mezi bází a nukleofilem je, že báze jsou akceptory vodíku, které mohou provádět neutralizační reakce, zatímco nukleofily útočí na elektrofily, aby zahájily některé určité organické reakce.
Kyseliny a zásady jsou dva důležité pojmy v chemii. Oba mají protichůdné vlastnosti. Nukleofil je termín, který v organické chemii výrazněji používáme k popisu reakčních mechanismů a rychlostí. Strukturálně neexistuje odlišný rozdíl mezi bází a nukleofilem, ale funkčně plní různé povinnosti.