Klíčovým rozdílem mezi ectomycorrhizae a endomycorrhizae je, že houbové hyfy nepronikají do kortikálních buněk kořenů rostlin v ectomycorrhizae, zatímco houbové hyfy pronikají do kortikálních buněk kořenů rostlin v endomycorrhizae.
Mycorrhizae je důležitý symbiotický vztah, který se vyskytuje mezi houbami a kořeny vyšších rostlin. Jak houby, tak rostliny získávají z tohoto sdružení výhody. Houbové hyfy pronikají do půdy a přinášejí rostlinám živiny, zatímco rostliny také poskytují houbám výhody. Jedná se tedy o ekologicky důležitý vztah. A co je nejdůležitější, houbové hyfy mohou růst několik metrů a přenášet vodu a živiny, zejména dusík, fosfor, draslík do kořenů. Navíc mykorhizní asociace chrání rostlinu před kořenovými patogeny. Proto jsou příznaky nedostatku živin méně pravděpodobné u rostlin, které jsou v těchto symbiotických asociacích. Existují dva typy mycorrhizae jako ectomycorrhizae a endomycorrhizae.
