Klíčovým rozdílem mezi chimérou a mozaikou je počet zygotů podílejících se na tvorbě každého organismu. Různé buněčné populace pocházejí ze dvou zygotů v chiméře, zatímco různé buněčné populace pocházejí z jedné zygoty v mozaice.
Chiméra a mozaika byly původně mýtické pojmy genetické kombinace. S pokrokem v genetice a molekulární biologii je však nyní možné vědecky vysvětlit jevy chimerismu a mozaiky. Jak v chimerismu, tak v mozaicismu nesou některé buňky těla jiný genom. Stejná tkáň tedy může obsahovat dvě nebo více různých buněčných populací. Dále se dva zygoti podílejí na tvorbě embrya, které se vyvine do chiméry, zatímco jedna zygota se podílí na tvorbě embrya, které se vyvine do mozaiky. Mutace v raném vývoji je důvodem mozaicismu, zatímco zapojení dvou různých zygotů je důvodem chimerismu.
