Klíčovým rozdílem mezi kotransportem a kontrotransportem je, že kotransport je forma sekundárního aktivního transportu, který transportuje dva typy molekul současně přes plazmatickou membránu ve stejném nebo opačném směru. Na druhou stranu je kontrotransport jednou ze dvou forem kotransportu, který transportuje dva typy molekul současně opačným směrem přes buněčnou membránu.
Molekuly jdou dovnitř a ven přes selektivní plazmatickou membránu buňky. Existuje několik typů proteinů transportujících membránu. Cotransport a countertransport jsou dva typy sekundární aktivní dopravy. Cotransport transportuje dva různé typy molekul současně ve spojeném pohybu, zatímco kontrotransport nebo výměna je typem kotransportu, který transportuje dva typy molekul v opačném směru přes membránu.
