Klíčový rozdíl mezi QTL a GWAS závisí na typu sekvencí použitých při analýze. QTL používá vazebné genové lokusy k analýze fenotypových vlastností spojených s polygenní dědičností, zatímco GWAS používá celé genomové sekvence k analýze jednonukleotidových polymorfismů konkrétního stavu.
QTL mapy a GWAS hrají důležitou roli v genetických analýzách pro různé rysy. Dále jsou důležité při analýze různých chorobných stavů s neznámou etiologií. Sekvenování navíc hraje klíčovou roli v obou technikách. Tyto techniky lze dále spojit s dalšími technikami s vysokou propustností pro zvýšení přesnosti a přesnosti.
