Klíčovým rozdílem mezi kandidátským genem a GWAS je, že přístup kandidátského genu zkoumá genetické variace v malém počtu předem specifikovaných požadovaných genů, zatímco GWAS zkoumá celý genom pro běžnou genetickou variaci za konkrétním chorobným stavem.
Kandidátský genový přístup a genomové asociační studie (GWAS) jsou dvě metody, které jsou důležité pro detekci genetické náchylnosti k chorobám. Kandidátský genový přístup je založen na předem specifikovaném malém počtu genů, zatímco GWAS je založen na testování celého genomu. Přístup kandidátských genů proto na rozdíl od GWAS vyžaduje předchozí znalost genů relevantních pro dané onemocnění.