Klíčovým rozdílem mezi genovým mapováním a sekvenováním genů je to, že genové mapování je technika, která identifikuje umístění genu v genomu a vzdálenosti mezi geny, zatímco genové sekvenování je technika, která identifikuje přesné pořadí nukleotidů genu.
Mapování genů a sekvenování genů jsou důležité v genetické diagnostice k lokalizaci a potvrzení přítomnosti genů. Při odvozování genové mapy tedy hrají důležitou roli molekulární techniky, jako je gelová elektroforéza a polymerázová řetězová reakce. Kromě toho je pro generování genové sekvence nezbytné použití různých technik sekvenování, jako je Sangerovo sekvenování a sekvenování další generace.