Klíčovým rozdílem mezi protomery a kapsomery je, že protomery jsou strukturní jednotky oligomerních proteinů, zatímco kapsomery jsou jednotlivé proteiny složené z protomerů, které jsou strukturálními podjednotkami virové kapsidy.
Virus je intracelulární obligátní parazit, což je infekční částice. Kapsida je jednou ze dvou hlavních složek virové částice. Jedná se o proteinový obal, který obklopuje a chrání virový genom. Kapsida obsahuje protomery, které jsou strukturálními jednotkami oligomerních proteinů. Capsomere je strukturní podjednotka virové kapsidy a jedná se o agregaci několika protomerů jako jednotky. Protomery se tedy samy shromažďují za vzniku kapsomery a kapsomery se samy shromažďují za vzniku kapsidy.
