Klíčový rozdíl mezi DMSO a MSM spočívá v tom, že DMSO je organická sirná sloučenina, která existuje v kapalné fázi, zatímco MSM je organická sirná sloučenina, která existuje v pevné fázi.
Termín DMSO znamená dimethylsulfoxid, zatímco termín MSM znamená methylsulfonylmethan. Obojí jsou organosírové sloučeniny. To znamená; tyto sloučeniny mají atomy síry vázané na organické sloučeniny. Hlavní rozdíl mezi DMSO a MSM spočívá ve fázi hmoty, ve které tyto sloučeniny existují při teplotě místnosti. Kromě tohoto klíčového rozdílu existují i některé další rozdíly.