Klíčovým rozdílem mezi BCAA a aminokyselinami je, že BCAA je aminokyselina s rozvětveným řetězcem, která má alifatické postranní řetězce s větví, zatímco aminokyseliny jsou organické sloučeniny obsahující aminové skupiny, karboxylové skupiny a specifický boční řetězec.
Aminokyseliny jsou stavebními kameny bílkovin. Postranní skupina (R) aminokyseliny určuje vlastnosti aminokyseliny. Proto je tato vedlejší skupina specifická pro aminokyseliny. Jinými slovy, různé aminokyseliny mají různé vedlejší skupiny. BCAA však mají další jedinečnost; centrální atom uhlíku vázaný na tři nebo více atomů uhlíku.
