Klíčovým rozdílem mezi hydrofobními a hydrofilními aminokyselinami je to, že hydrofobní aminokyseliny jsou nepolární, zatímco hydrofilní aminokyseliny jsou polární.
Aminokyseliny jsou stavebními kameny bílkovin. Protein je obrovská molekula polymeru, která je základní složkou všech živých organismů. Aminokyseliny dále existují hlavně ve dvou typech jako esenciální a neesenciální aminokyseliny. Kromě toho je můžeme kategorizovat jako hydrofilní a hydrofobní aminokyseliny v závislosti na jejich fyzikálně-chemické povaze. Liší se od sebe hlavně na základě polarity.