Klíčový rozdíl mezi pyridinem a pyrimidinem spočívá v tom, že pyridinová struktura připomíná strukturu benzenu s jednou methylovou skupinou nahrazenou atomem dusíku, zatímco pyrimidinová struktura, i když se podobá také struktuře benzenu, má dvě methylové skupiny nahrazené atomy dusíku.
Pyridin a pyrimidin jsou organické sloučeniny. Tito jsou pojmenováni jako heterocyklické organické sloučeniny, protože jsou to cyklické struktury mající dva různé typy atomů tvořících kruh. Tyto kruhové struktury obsahují atomy uhlíku a dusíku.