Klíčovým rozdílem mezi alozymy a isozymy je, že alozymy jsou kódovány různými alelami na stejném místě. Naproti tomu jsou izozymy kódovány geny na různých lokusech.
Enzymy jsou biokatalyzátory, které urychlují biochemické reakce. Ve skutečnosti jsou to proteinové molekuly kódované geny. Existují různé typy enzymů. Některé enzymy jsou kódovány různými alelami stejného genu přítomného na stejném místě. Jsou známé jako alozymy. Naproti tomu některé enzymy jsou kódovány různými geny umístěnými v různých lokusech. Tyto enzymy jsou známé jako isozymy. K určení vztahu mezi dvěma organismy lze použít izoenzymy a alozymy.