Klíčovým rozdílem mezi thiokyanátem a isothiokyanátem je to, že thiokyanát je funkční skupina, ve které je alkylová nebo arylová skupina připojena přes atom síry, zatímco isothiokyanát je vazebným izomerem thiokyanátu, ve kterém je alkylová nebo arylová skupina připojena přes atom dusíku.
Thiokyanát a isothiokyanát jsou funkční skupiny obsahující atomy uhlíku, dusíku a síry. Tyto funkční skupiny mají stejnou konektivitu atomů. To znamená, že atom uhlíku je uprostřed, zatímco atomy dusíku a síry jsou připojeny k jeho stranám. Chemická vazba mezi těmito atomy se však navzájem liší.
