Klíčový rozdíl mezi lineárními a rotačními molekulárními motory je hlavně na základě pohybu komplexů, které tvoří motorový protein. Zatímco lineární molekulární motory vykazují jednosměrný lineární pohyb mezi komplexy, rotační molekulární motory vykazují rotační pohyby kolem různých komplexů tvořících molekulární motor.
Molekulární motory jsou důležité biomolekuly, které se účastní mnoha reakcí, zvláště spojených s výrobou energie, pokud jde o adenosintrifosfát (ATP). Hrají klíčovou roli při pohybu nebo mechanické práci. Motorické proteiny využívají k výrobě mechanické síly volnou energii z hydrolýzy ATP nebo nukleotid trifosfátu. Existují dva typy molekulárních motorů jako lineární molekulární motory a rotační molekulární motory. Představují dva režimy provozu motoru.
