Klíčovým rozdílem mezi synteny a kolinearitou je to, že synteny je fyzická společná lokalizace genetických lokusů na stejném chromozomu u druhů, zatímco kolinearita je fyzická společná lokalizace genetických lokusů na stejném chromozomu u různých druhů při zachování stejného řádu.
Synteny a kolinearita jsou dva výrazy, které se v genomice používají zaměnitelně. Oba termíny popisují vzorce lokalizace genů na chromozomech u různých druhů. Tato příbuzná uspořádání genů mezi taxony jsou cennou informací při odvozování sdíleného původu genů. Synteny označuje fyzickou společnou lokalizaci genetických lokusů na stejném chromozomu u druhů. Kollinearita označuje fyzickou společnou lokalizaci genetických lokusů na stejném chromozomu u různých druhů při zachování stejného řádu. Jedná se tedy o formu syntény.
