Klíčovým rozdílem mezi strukturální a funkční genomikou je, že strukturní genomikou je studium fyzické podstaty genomů, včetně sekvenování a mapování genomů, zatímco funkční genomikou je studium exprese a funkce genomu.
Genomika je oblast biologie, která se týká struktury, organizace, funkce, evoluce a mapování genomů živých organismů. Zahrnuje také sekvenování genomů, stanovení kompletní sady proteinů kódovaných organismem a fungování genů a metabolických drah v organismu. Jednoduše řečeno, genomika je rozsáhlé studium skupiny genů. Proto jsou studie prováděny na úrovni genomu. Strukturální genomika a funkční genomika jsou dvě hlavní větve genomiky. Strukturální genomika se zaměřuje na charakterizaci a poskytnutí umístění celé sadě genů v genomu. Naproti tomu funkční genomika se zaměřuje na funkci a vlastnost.