Klíčový rozdíl - Exome vs Transcriptome
Gen obsahuje v sobě kódující a nekódující oblasti. Kódující sekvence jsou známé jako exony a nekódující sekvence jsou známé jako introny. Nukleotidová sekvence exonů genu představuje genetický kód genu pro syntézu specifického proteinu. Exony tedy zůstávají v molekule mRNA. Celková exonová oblast genomu je známá jako exome a je důležitou součástí genomu. Genetický kód genů se převádí na genetický kód molekuly mRNA, který je potřebný pro produkci proteinu. Celá molekula mRNA transkribovaná v buňce nebo buněčné populaci najednou je známá jako transkriptom. Klíčovým rozdílem mezi exomem a transkriptomem je to, že exome představuje sekvence exonových oblastí genomu, zatímco transkriptom představuje celkovou mRNA buňky nebo tkáně v daném čase.
OBSAH
1. Přehled a hlavní rozdíl
2. Co je Exome
3. Co je transkriptom
4. Porovnání vedle sebe - Exome vs transkriptom
5. Shrnutí
Co je Exome?
Geny se skládají z exonů, intronů a regulačních sekvencí. Exony jsou genové oblasti, které jsou transkribovány do sekvence mRNA během transkripce. Introny a další nekódující oblasti jsou během transkripce odstraněny. Nukleotidová sekvence exonů určuje genetický kód genu, který syntetizuje specifický protein, který kóduje. Pouze exony zůstávají v mRNA proteinu. Sbírka exonů v genomu je známá jako exome organismu. Představuje část genomu, která je exprimována v genech. U lidí představuje exome 1% z genomu. Jedná se o proteinově kódující část lidského genomu.
Obrázek 01: Exome
Co je to transkriptom?
Transkriptom je soubor všech transkriptů kódujících a nekódujících proteiny (RNA) v dané tkáni. Transkriptom představuje soubor celkových molekul mRNA exprimovaných geny v buňce nebo tkáni. Transkriptom buňky lze měnit s transkriptomem jiného typu buňky. Transkriptom je také dynamický - mění se s časem v reakci na vnitřní i vnější podněty. I ve stejné tkáni nebo ve stejném typu buňky se transkriptom může po několika minutách změnit.
Transkriptom se liší od exomu organismu. Transkriptom zahrnuje pouze exprimované exome sekvence. Ačkoli exom buňky zůstává stejný, transkriptom se mezi buňkami liší, protože genová exprese není stejná pro všechny buňky nebo tkáně. V různých buňkách a tkáních jsou exprimovány pouze základní geny. Genová exprese je proces specifický pro tkáň nebo buněčný typ. Je regulován různými faktory, včetně faktorů prostředí. Proto se transkriptom může lišit podle vnějších podmínek prostředí.
Transkriptom se používá jako předchůdce pro proteomická studia. Všechny proteiny jsou odvozeny ze sekvencí mRNA. Translační úpravy mohou vést ke změnám v proteinech. Transkriptom však poskytuje důležité základní informace pro proteomické studie.
Obrázek 02: Transkriptom embryonálních kmenových buněk
Jaký je rozdíl mezi Exome a Transcriptome?
Rozdílný článek uprostřed před tabulkou
Exome vs Transcriptome |
|
| Exome je soubor oblastí kódujících proteiny genů. | Transkriptom je soubor veškeré transkribované RNA včetně mRNA. |
| Vzorek | |
| Exome je studován pomocí vzorku DNA. | Transkriptom je studován pomocí vzorku RNA. |
| Studijní metoda | |
| Sekvenování celého exomu je metoda studia exome. | Sekvenování RNA je metoda studia transkriptomu. |
Shrnutí - Exome vs Transcriptome
Exony jsou kódující sekvence genů a určují sekvence mRNA proteinů. Sbírka těchto kódujících sekvencí (exonů) je známá jako exom organismu. Geny jsou transkribovány do molekul mRNA před vytvořením proteinů. Celkové molekuly mRNA buňky nebo tkáně v kteroukoli danou dobu jsou známé jako transkriptom. Transkriptom představuje geny, které jsou v daném okamžiku aktivně exprimovány do mRNA. Transkriptom je specifický pro buňky a tkáně a ovlivňuje podmínky prostředí. To je rozdíl mezi exome a transkriptomem.
