Klíčový rozdíl - ligace Blunt vs Sticky End Ligation
Restrikční endonukleázy jsou specifické enzymy, které štěpí dvouvláknovou DNA (dsDNA). Jsou také známé jako molekulární nůžky v molekulární biologii. Restrikční enzymy jsou schopné rozpoznat specifické krátké sekvence dsDNA známé jako rozpoznávací místa a štěpit fosfodiesterové a vodíkové vazby za účelem otevření dvojitých řetězců. Výsledkem štěpení těmito enzymy jsou fragmenty DNA s různými typy konců, jako jsou lepivé konce a tupé konce. DNA ligáza je enzym používaný v molekulární biologii ke spojení dvou sousedních řetězců DNA vytvářením nových vazeb. Tento krok je znám jako ligace a podle typu ligovaného konce DNA je lze označit jako ligace tupého konce a ligace lepivého konce. Klíčovým rozdílem mezi ligací tupého a lepivého konce je to, že ligace tupého konce nastává mezi fragmenty DNA, které obsahují dva tupé konce, zatímco ligace lepivého konce se vyskytuje mezi 5 'a 3' převisy. Ve srovnání s ligací s tupými konci je ligace s lepivými konci účinnější a stabilnější.
OBSAH
1. Přehled a hlavní rozdíl
2. Co je ligace s tupým koncem
3. Co je ligace s lepkavým koncem
4. Porovnání vedle sebe - ligace s tupým koncem
5. shrnutí
Co je tupá ligace?
Některé restrikční endonukleázy mohou štěpit DNA na opačných bázích a produkovat fragmenty DNA na tupém konci. Tyto enzymy jsou známé jako řezače tupých konců; štěpí se přímo dolů do středu restrikčního místa, aniž by zanechaly jednovláknové převislé základny. Tupé konce jsou také známé jako nepřesahující konce, protože na koncích nemají 3 'a 5' převislé základny. Obě vlákna končí z párů bází tupými konci. Běžnými enzymy pro řezání tupých konců jsou EcoRV HaeIII, Alul a Smal.
Mezi dvěma tupými konci je zahrnuta ligace tupého konce. Nejde o ligaci vyčnívajících základen. Tato ligace je méně účinná než ligace s lepivým koncem. V některých případech se však ligace tupých konců stává výhodnější než ligace lepivých konců, zejména při ligaci produktů PCR. Produkty PCR se vždy vyrábějí s tupými konci. Blunt end ligation nevyžaduje doplňkové konce v DNA pro ligaci.
Obrázek 01: Produkce tupého konce enzymem Eco RV
Co je ligace s lepkavým koncem?
Některé restrikční endonukleázy jsou schopné štěpit dsDNA a na konci ponechávají převislý kus jednovláknové DNA. Tyto konce jsou známé jako lepivé nebo převislé konce. K ligaci lepivých konců dochází mezi dvěma fragmenty DNA, které obsahují odpovídající přesahy, protože lepivé konce jsou posedlé nepárovými bázemi a vyžadují komplementární báze pro vytvoření vazeb. Proto je nutné použít stejný restrikční enzym pro oba zdroje DNA k produkci odpovídajících ligujících fragmentů.
Ligace lepkavým koncem je efektivnější a v klonovacích procesech je často velmi žádoucí. Existuje několik restrikčních enzymů, které produkují lepivé konce. Jsou to EcoRI, BamHI, HindIII atd.
Obrázek 02: Produkce lepivého konce enzymem Eco RI
Jaký je rozdíl mezi Blunt a Sticky End Ligation?
Rozdílný článek uprostřed před tabulkou
Blunt vs ligotavý konec |
|
| K ligaci tupého konce dochází mezi dvěma fragmenty DNA s tupým koncem. | K ligaci lepivých konců dochází mezi dvěma odpovídajícími fragmenty DNA s lepivými konci. |
| Enzymy | |
| Frézy s tupými konci produkují tupé konce. | Lepicí řezačky konců vytvářejí lepivé nebo soudržné konce. |
| Požadavek shody končí | |
| Nevyžaduje odpovídající fragmenty ani doplňkové báze. | Vyžaduje doplňkové báze na koncích k vytvoření párů bází. |
| Účinnost | |
| Je to méně efektivní než ligace s lepkavým koncem | Je to efektivnější než tupá ligace. |
Shrnutí - Blunt vs Sticky End Ligation
Restrikční endonukleázy jsou schopné štěpit dsDNA a produkovat fragmenty DNA s různými konci. Rozpoznávají specifické sekvence a omezují DNA vytvářením lepivých a tupých konců. Lepivé konce mají nepárové základny na konci fragmentů. Tupé konce jsou vytvořeny díky přímému štěpení a na koncích mají páry bází. Ligace lepkavým koncem vyžaduje dva doplňkové jednovláknové kousky DNA. K ligaci tupého konce dochází mezi libovolnými dvěma fragmenty tupého konce. To je rozdíl mezi tupou a lepivou ligací.
