Klíčovým rozdílem mezi MS a boreliózou je, že borelióza je infekční onemocnění, zatímco MS není zánětlivé onemocnění bez infekčního původu. To znamená, že roztroušená skleróza je chronické autoimunitní zánětlivé onemocnění zprostředkované T-buňkami postihující centrální nervový systém. Lyme nemoc je na druhé straně způsobena spirochetou zvanou Borrelia burgdoferi, která vstupuje do lidského těla kousnutím vší nebo klíšťat.
Roztroušená skleróza i lymská borelióza jsou nemoci, které mohou ovlivnit náš neurologický systém.