Klíčovým rozdílem mezi Pagetovou chorobou a ekzémem je to, že Pagetova choroba je fokální porucha remodelace kostí a ekzém je zánětlivý stav kůže charakterizovaný skupinami vezikulárních lézí s různým stupněm exsudátů a škálování.
Pagetova choroba se vyskytuje kvůli mutacím v určitých genech, jako je nukleární faktor kappa B, sekvestosom p62 a osteoprotegerin. Na druhou stranu se ekzém vyskytuje v důsledku reakcí přecitlivělosti vyvolaných proti různým alergenům. Tento rozdíl v patogenezi je hlavním rozdílem mezi těmito dvěma nemocemi.