Klíčový rozdíl mezi alfa a beta hydroxykyselinami spočívá v tom, že alfa hydroxykyselina (AHA) má skupinu karboxylové kyseliny a hydroxylovou skupinu oddělenou jedním atomem uhlíku, zatímco beta hydroxykyselina (BHA) obsahuje skupinu karboxylové kyseliny a hydroxylovou skupinu oddělenou dvěma atomy uhlíku.
Hydroxykyseliny jsou organické sloučeniny, které mají ve stejné molekule skupinu karboxylové kyseliny a hydroxylovou skupinu. Atomy uhlíku, ke kterým jsou tyto funkční skupiny připojeny, jsou v těsné blízkosti. Proto je můžeme pojmenovat jako alfa, beta nebo gama podle počtu atomů uhlíku, které tyto funkční skupiny oddělují. Podívejme se na další podrobnosti v následujícím textu.