Klíčovým rozdílem mezi Pepsinem a proteázou je, že pepsin je jedním typem proteázy, zatímco proteáza je enzym, který štěpí protein na aminokyseliny.
Proteiny jsou důležité makromolekuly vyrobené z různých aminokyselin. Aminokyseliny jsou stavebními kameny bílkovin a amidovými vazbami polymerují na bílkoviny. Některé enzymy mohou štěpit proteiny na aminokyseliny a jsou známé jako proteázy. Existují různé typy proteáz, které se liší podle mechanismu hydrolýzy. Jedním z takových typů je pepsin, což je žaludeční proteáza.