Klíčovým rozdílem mezi komplementárními a doplňkovými geny je, že komplementární geny vyžadují přítomnost každého genu při expresi znaku, zatímco pouze jeden gen ze dvou doplňkových genů vyžaduje přítomnost druhého genu při expresi znaku.
Geny interagují navzájem, když produkují znak u jedince. Tyto interakce jsou složité a vyžadují hloubkovou analýzu, aby bylo možné pochopit, jak spolupracují a jak přítomnost genů ovlivňuje expresi znaků. Doplňkové a doplňkové geny jsou dva takové druhy genů, které při produkci znaku interagují navzájem. Ukazují epistatické genové interakce, což znamená, že účinek jednoho genu závisí na přítomnosti druhého genu.