Klíčovým rozdílem mezi molekulou a atomem je to, že molekula je kombinací dvou nebo více atomů prostřednictvím chemické vazby, zatímco atom je individuální chemický druh, který se může navzájem kombinovat za vzniku molekul a iontů.
Celá hmota na světě je tvořena atomy a molekulami, a proto je můžeme považovat za stavební kameny všeho na této planetě, včetně nás. Laicky řečeno můžeme říci, že nejzákladnější a také nejmenší jednotkou jakéhokoli chemického prvku je atom. Chemický prvek je druh atomů. Například nejmenší jednotkou plynného kyslíku je atom kyslíku; můžeme jej reprezentovat písmenem O. Tento atom kyslíku však neexistuje samostatně a stabilní je pouze tehdy, když se chemicky spojí s jiným atomem kyslíku. Poté se stane molekulou a můžeme ji reprezentovat chemickým vzorcem O 2.
