Hlavní rozdíl mezi sterilizace a dezinfekce je, že sterilizace je proces zabití všech forem mikrobiálního života, včetně přítomnosti spor v objektu, zatímco dezinfekční je způsob snížení nebo odstranění škodlivých mikroorganismů z neživých objektů a ploch.
Mikroorganismy jsou všudypřítomné. Protože způsobují kontaminaci, infekci a rozpad, je nutné je odstranit nebo zničit z materiálů nebo oblastí dekontaminací. Sterilizace a dezinfekce jsou dva způsoby dekontaminace. Cílem dezinfekce je usmrtit mikroby na úroveň, kterou infekce nepřenáší, ale nemusí nutně zabíjet všechny mikroorganismy přítomné v neživém předmětu. Sterilizace je však proces dekontaminace, při kterém se všechny mikroorganismy přítomné v předmětu zničí a následně se předmět stane sterilním. Proces sterilizace proto zabíjí spory včetně endospór bakterií. Ve zkratce,můžeme říci, že sterilizace ničí všechny mikroorganismy přítomné v předmětu nebo místě, zatímco dezinfekce pouze snižuje počet škodlivých mikroorganismů, aby se zabránilo přenosu.