Klíčovým rozdílem mezi koenzymem a kofaktorem je, že koenzymy jsou organické molekuly, zatímco kofaktory mohou být buď organické, nebo anorganické molekuly.
Enzymy jsou základní biologické makromolekuly. Jsou to biologické katalyzátory, které zvyšují rychlost biologických reakcí za velmi mírných podmínek. Enzymy jsou navíc bílkoviny; pokud jsou tedy vystaveni vysoké úrovni tepla, koncentrací solí, mechanickým silám, organickým rozpouštědlům a koncentrovaným kyselým nebo zásaditým roztokům, mají tendenci denaturovat. Někdy enzymy potřebují podporu jiné molekuly nebo iontu, aby měly specifickou funkci. Koenzymy a kofaktory jsou takové molekuly.
