Klíčový rozdíl mezi FISH a CGH spočívá v tom, že FISH je molekulární technika, která detekuje specifickou sekvenci DNA na chromozomu pomocí fluorescenčně značených sond, zatímco CGH je další molekulární cytogenetická technika, která detekuje změny v genomové DNA.
Cytogenetická analýza hraje v medicíně důležitou roli při detekci chromozomálních abnormalit, jako jsou aneuploidie, delece, duplikace a přeskupení atd. Chromozomální abnormality nakonec vedou ke genetickým onemocněním, jako je rakovina, neplodnost, Downov syndrom, Klinefelterův syndrom, Turnerův syndrom, leukémie atd. Existují různé molekulární cytogenetické metody pro detekci výše uvedených defektů a chorob. Mezi nimi jsou dvě silné hybridizační techniky FISH (fluorescenční hybridizace in situ) a CGH (komparativní genomová hybridizace). Obě metody však mají klady a zápory.
