Klíčovým rozdílem mezi 1D a 2D gelovou elektroforézou jsou vlastnosti používané pro separaci proteinů na gelové elektroforéze. 1D gelová elektroforéza odděluje proteiny pouze na základě molekulové hmotnosti, zatímco 2D gelová elektroforéza odděluje proteiny na základě svého izoelektrického bodu a molekulové hmotnosti.
Separace proteinů gelovou elektroforézou je důležitou technikou pro charakterizaci proteinů. Proteiny mají různé vlastnosti; separace je proto ve srovnání se separací DNA elektroforézou na agarózovém gelu složitější.
