Klíčovým rozdílem mezi gelovou filtrací a gelovou permeační chromatografií je to, že mobilní fází gelové filtrační chromatografie je vodný roztok, zatímco mobilní fází gelové permeační chromatografie je organické rozpouštědlo.
Jak gelová filtrace, tak gelová permeační chromatografie spadají do kategorie vylučovací chromatografie, ve které můžeme oddělit molekuly v roztoku v závislosti na jejich velikosti. To znamená, že někdy můžeme molekuly oddělit podle jejich molekulových hmotností. Obvykle používáme tyto techniky k oddělení komplexních molekul, jako jsou proteiny, a v průmyslovém měřítku k oddělení polymerních materiálů. Hlavní rozdíl mezi gelovou filtrací a gelovou permeační chromatografií je v mobilní fázi, kterou používáme v každé technice.
