Klíčový rozdíl mezi knock-inem a knockoutem závisí na metodě použité k vytvoření transgenního organismu. Při genovém knock-inu dochází k vložení nového genu, zatímco při knock-outu genu dochází k odstranění existujícího genu, aby se vytvořil transgenní organismus.
Transgenní organismy jsou organismy se změněnou genetickou konstitucí. „Rekombinantní organismy“je pro ně synonymem. Ve většině případů obsahují transgenní organismy prospěšné vlastnosti. Při vytváření transgenních organismů se terčem stávají geny. Podle potřeby může být gen zaveden nebo odstraněn. Genový knock in označuje zavedení nového genu, zatímco genový knockout označuje odstranění genu.
