Klíčovým rozdílem mezi ovariálním cyklem a menstruačním cyklem je to, že ovariální cyklus je cyklus, který se děje ve vaječnících, zatímco menstruační cyklus je cyklus, který se děje v děloze spojené se stěnou dělohy.
Ovariální cyklus a menstruační cyklus jsou dva cykly vyskytující se u žen. Tyto dva cykly připravují ženu na početí a porodu potomka a na matku. Oba cykly se vyskytují v ženském reprodukčním systému. Jedná se tedy o cykly reagující na hormony. Ženy procházejí těmito dvěma cykly od puberty po menopauzu. Série událostí se odehrává během těchto dvou cyklů a jsou poháněny hlavně hormony. Když dojde k těhotenství, oba cykly se zastaví a to se děje pomocí hormonu zvaného lidský choriový gonadotropin (hCG).