Klíčovým rozdílem mezi mitochondriemi a kinetoplasty je to, že mitochondrie jsou organely eukaryotických buněk, které produkují energii (ATP). Mezitím kinetoplast je síť kruhové DNA přítomná uvnitř velkého mitochondria, konkrétně v prvokech třídy Kinetoplastea.
Eukaryotické buňky mají různé typy buněčných organel. Tyto různé organely plní v živé buňce různé funkce. Z nich jsou mitochondrie jednou z organel vázaných na membránu pozorovaných v eukaryotické buňce. Jsou to organely, které jsou odpovědné za produkci energie (ve formě ATP) v buňkách. Proto jsou považovány za elektrárny buňky. Mitochondrie mají svůj vlastní genom, kterým je kruhová DNA zděděná po matce. Kinetoplast je síť kruhové DNA pozorovaná ve velké mitochondrii organismů patřících do třídy Kinetoplastida. Kinetoplasty jsou proto vidět pouze v této eukaryotické subdoméně.
