Klíčovým rozdílem mezi centromérou a chromomérem je to, že centroméra je zúžená oblast, která spojuje sesterské chromatidy dohromady v chromozomu, zatímco chromomér je lineárně uspořádaná perličková struktura přítomná po celé délce chromozomu.
Chromozom je vláknitá struktura složená z nukleových kyselin a proteinů. Obsahují genetickou informaci organismu. V chromozomu je několik odlišných oblastí, včetně chromatidů, centromér, chromomerů a telomer. Centromera je viditelný bod zúžení v chromozomu. Spojuje sesterské chromatidy dohromady a je důležité při dělení buněk. Naproti tomu chromomery jsou pevně stočený chromatin přítomný po celé délce chromozomu. Vypadají jako korálky na provázku. Nosí geny během dědičnosti.