Klíčovým rozdílem mezi antigenní a fázovou variací je, že antigenní variace je mechanismus, který odkazuje na expresi antigenně odlišných proteinů, sacharidů nebo lipidů na jejich površích, zatímco fázová variace je vysokofrekvenční reverzibilní zapnutí a vypnutí přepínání fenotypové exprese.
Antigenní a fázová variace jsou dva typy molekulárních mechanismů používaných patogeny, aby se zabránilo imunitní odpovědi hostitele. Jsou ve vzájemném vztahu. Tyto mechanismy umožňují mikrobům, zejména bakteriím, přizpůsobit se více než jednomu prostředí. V důsledku fázové a antigenní variace se vytváří heterogenní fenotyp klonální bakteriální populace. V této populaci jednotlivé buňky exprimují fázově variabilní proteiny nebo jednu z více antigenních forem proteinu. Tyto variace jsou hlavně strategie virulence prováděné patogeny.
