Klíčovým rozdílem mezi prostaglandiny a leukotrieny je, že prostaglandiny jsou produkovány všemi typy buněk a všemi částmi těla, které se zabývají úrazy a nemocemi, zatímco leukotrieny jsou produkovány leukocyty.
Eikosanoidy jsou rodinou bioaktivních lipidových mediátorů. Jsou to okysličené 20-uhlíkové mastné kyseliny syntetizované z dietních esenciálních mastných kyselin. Podílejí se na regulaci řady fyziologických a patologických reakcí. Kromě toho vykazují silné zánětlivé vlastnosti a pomáhají při vývoji a regulaci imunologických a zánětlivých reakcí. Prostaglandiny a leukotrieny jsou dva typy eikosanoidů odvozených od kyseliny arachidonové. Prostaglandiny zvyšují účinky histaminu a bradykininu na vaskulární permeabilitu, zatímco leukotrieny zprostředkovávají akumulaci leukocytů během akutního zánětu.