Klíčovým rozdílem mezi UTR a intronem je, že UTR je nekódující nukleotidová sekvence, která je obsažena ve zralé sekvenci mRNA, zatímco intron je sekvence, která není zahrnuta ve zralé molekule mRNA.
UTR nebo nepřekládaná oblast je nekódující sekvence, která se nachází v molekule mRNA. Na každé straně sekvence mRNA vidíme jeden UTR. Proto existují dva UTR jako 5'UTR a 3'UTR. Naproti tomu intron je nekódující sekvence, která se nachází mezi exony genu. Introny jsou při vytváření mRNA spojeny. Introny tedy nejsou v sekvenci mRNA vidět. UTR i intron jsou však důležitými prvky eukaryotických genomů.
