Klíčovým rozdílem mezi start kodonem a stop kodonem je to, že start kodon je trinukleotidová sekvence, která označuje začátek sekvence, která se převádí na protein, zatímco stop kodon je trinukleotidová sekvence, která označuje konec sekvence, která se převádí na protein.
Genetický kód genu obsahuje instrukce potřebné k výrobě konkrétního proteinu. Obsahuje trinukleotidové sekvence, které jsou známé jako kodony. Každý kodon specifikuje aminokyselinu. Aminokyseliny jsou stavebními kameny bílkovin. Genetický kód každého genu začíná start kodonem a končí stop kodonem. Start kodon proto označuje místo, kde začíná translace na protein. Stop kodon na druhé straně označuje místo, kde končí translace na protein. Proto můžeme tyto dva kodony identifikovat jako dvě interpunkční znaménka v genetickém kódu. Obě jsou specifické trinukleotidové sekvence.
