Klíčovým rozdílem mezi epistázou a pleiotropií je to, že epistáza je jev, při kterém jeden gen v jednom místě mění fenotypovou expresi genu v jiném místě, zatímco pleiotropie vysvětluje jev, ve kterém jeden gen ovlivňuje více fenotypových vlastností.
Epistáza a pleiotropie jsou dva jevy v genetice. Epistáza nastává, když jeden fenotyp určuje více než jeden gen. Proto v epistáze jeden gen ovlivňuje expresi jiného genu umístěného na jiném místě. Naproti tomu pleiotropie nastává, když jeden gen určuje více fenotypů. Jeden gen tedy přispívá k více charakteristikám. Epistáza i pleiotropie jsou variacemi Mendelovy dědičnosti.
